Začátek je jasný: smícháme suché složky zvlášť (mouku a cukr prosejeme, aby bylo těsto nadýchanější) a tekuté složky zvlášť (tekuté složky pořádně vyšleháme, aby se spojily v jednolitou směs). Poté už můžeme obě složky smíchat v hladké těsto.
Citrony pořádně omyjeme a nastrouháme z nich kůru – do tohoto množství těsta bude stačit kůra jen z jednoho citronu. Při strouhání si dáme pozor, abychom strouhali jen žlutou část kůry, bílá část je totiž hořká. Poté z citronů vymačkáme šťávu.
Dvě lžíce citronové šťávy dáme stranou do mističky a zbytek přimícháme spolu s citronovou kůrou do těsta. Pořádně promícháme.
Těstem naplníme formičky na muffiny, které můžeme (ale nemusíme) vyložit papírovými košíčky na muffiny. Formičky plníme do dvou třetin výšky, i když u těchto muffinů můžeme i víc, protože citronové muffiny nebudou stoupat tak, jak jsme u ostatních druhů muffinů zvyklí.
Poté dáme do trouby vyhřáté na 200 °C asi na 20 minut. Čas se liší podle typu trouby. Pokud už se nám budou zdát muffiny upečené, vytáhneme je z trouby a píchneme do nich špejlí. Měli bychom vytáhnout čistou špejli bez těsta.
To, že muffiny nebudou mít typickou velkou čepičku si vynahradíme tak, že je polijeme citronovým sirupem. Vezmeme si odloženou mističku se dvěma lžícemi citronové šťávy a přidáme dvě lžíce moučkového cukru. Tento sirup nalijeme na napůl vychlazené muffiny a necháme ztuhnout.